Структура файлов
С позиции разработчика, сайт условно можно подразделить на два уровня — 
  логический и физический. На логическом уровне сайт представляет собой совокупность 
  веб-страниц, объединенных между собой единым дизайном, стилем и ссылками. При 
  этом на физическом уровне сайт является и набором файлов разного типа — 
  в состав могут входить программы, документы, изображения и многое другое. Продумывание 
  и создание удобной файловой структуры помогает не только разработчику оптимизировать 
  свою работу, но и посетителю лучше понять строение сайта. 
Для простоты будем предполагать, что мы имеем дело с сайтом, который сделан 
  с помощью html-файлов, без всякого веб-программирования. 
Прежде чем создавать в корне сайта папки и файлы, необходимо разработать структуру 
  сайта — какие разделы и подразделы будут присутствовать, как они будут 
  называться. Для примера приведем схему сайта посвященного оптимизации графики.
  -  Главная страница
-  Форматы графических файлов
-  Разрешение изображений
-  Оптимизация в программе Photoshop
-  Оптимизация формата GIF
-  Оптимизация формата JPEG
-  Антиальясинг
-  Разрезание изображений
-  Список терминов
Каждый раздел представляет собой один html-документ, который следует создать 
  и дать ему имя. Имена файлов лучше называть латинскими символами без пробелов 
  в нижнем регистре. Такой подход гарантирует универсальность и работоспособность 
  на разных платформах.
Прежде, чем присваивать имена файлам, следует учесть некоторые настройки веб-сервера, 
  под руководством которого будет работать сайт. Сюда входит: какой файл будет 
  загружаться первым, будет ли закрыт доступ к отдельным файлам, как будет осуществляться 
  отслеживание ошибок и другие подобные вопросы. 
Какой файл загружать первым
Обычно просмотр сайта начинается с главной страницы. При обилии в корне сайта 
различных файлов, как веб-сервер узнает, что ему загружать автоматически? Конечно, 
если путь к файлу указан напрямую, никаких вопросов не возникает. Но в большинстве 
случаев, адрес сайта указывается коротко, без лишних файлов на конце. Вот тогда 
читаются настройки сервера, и определяется, файл с каким именем следует показать 
и есть ли он в наличии. Как правило, такой файл имеет имена index.html, index.htm, 
default.htm, в общем, список можно продолжить. Чтобы не усложнять себе жизнь вычислением, 
какой же файл главнее, это можно установить самому, используя для этого файл .htaccess, 
размещая его в корне сайта. Данный файл является конфигурационным для популярного 
веб-сервера Apache и представляет собой обычный текстовый документ. В нем следует 
прописать такую строку.
DirectoryIndex index.html index.htm
Где через пробел указываются имена файлов, которые следует просматривать на 
  предмет наличия и запускать автоматически. После этого, при указании пути к 
  разным файлам и папками, в браузере будут открываться документы, как показано 
  в таблице (указание протокола http:// для краткости опущено).
   
    | Путь | Что запускается | 
   
    | www.mysite.ru | www.mysite.ru/index.html | 
   
    | www.mysite.ru/16.html | www.mysite.ru/16.html | 
   
    | www.mysite.ru/16/ | www.mysite.ru/16/index.html | 
   
    | www.mysite.ru/1/6 | www.mysite.ru/1/6/index.html | 
Как видно из таблицы, даже если путь к файлу указан не полностью, веб-сервер 
  сам подставит недостающие значения. Этим можно воспользоваться, создавая ссылки 
  на разные документы, на их работоспособность это не скажется. 
Примечание.
 файл .htaccess пишется без всякого расширения с обязательной точкой в начале 
  имени;
 указанный файл может не работать на некоторых серверах; 
 неполные пути, как показано в таблице, работают только под управлением веб-сервера, 
  на локальном компьютере этот фокус не пройдет;
 если файл index.html отсутствует в указанной папке, браузер покажет 
  список файлов, которые в ней содержатся.
   Запрет доступа к папкам
  Чтобы запретить посетителям смотреть информацию в отдельных папках на сайте, 
  что иногда бывает необходимо для ограничения доступа к служебной информации 
  и повышения безопасности сайта, есть два основных способа. Первый — создать 
  пустой файл index.html и поместить его в нужную папку. Как было указано выше, 
  этот файл будет загружаться в первую очередь при выборе пути к папке. А раз 
  он пустой, то и увидеть ничего лишнего не удастся. Второй способ - использование 
  опять же файла .htaccess, который следует разместить в нужной папке. Не стоит 
  удивляться, это универсальный файл и размещаться он может в любом количестве 
  и в любом месте сайта. 
  В нем надо написать следующую информацию. 
  
  Options -Indexes
  Когда браузер открывает папку, в которой содержится такой файл .htaccess, 
    посетитель увидит предупреждение об ошибке с номером 403, означающую, что 
    доступ в данное место запрещен. 
   Изображения
  Все изображения, применяемые на веб-страницах, принято хранить в папке с именем 
  images или img. Такая традиция систематизирует материал, разбивая его на блоки 
  — для картинок одно место, для скриптов — другое, для стилей — 
  третье. 
  
  Отслеживание ошибок
  При правильном создании всех ссылок никогда не возникают, так называемые, <битые 
  ссылки>, когда ссылка ведет на файл, путь к которому или его имя указано неверно. 
  Однако данная ошибка с номером 404 может возникнуть и просто, когда неправильно 
  пишут адрес страницы. В этом случае, хорошо бы подсунуть пользователю сообщение 
  об ошибке, чтобы не беспокоился и верил, что все можно поправить. Для этого 
  создают отдельную веб-страницу, которая будет показана как раз при возникновении 
  подобной ошибки. Связать воедино процесс возникновения ошибки и наш файл можно 
  опять же с помощью корневого .htaccess. В него добавляется следующая строка. 
  
  
  ErrorDocument 404 /err404.html
  Имя файла называется err404.html и размещается в корне сайта, слэш (символ 
    /) перед именем файла пишется обязательно. 
  
Файловая структура сайта
  Вернемся теперь к сайту, файловую структуру которого следует создать. Здесь 
  существует два различных подхода. В первом случае, каждому разделу соответствует 
  html-документ, находящийся в корне сайта. Путь к нему будет выглядеть как www.mysite.ru/optimize.html. 
  Альтернативный вариант — создание папок, которые будут соответствовать 
  определенным разделам. В каждой папке размещается файл index.html. Поскольку 
  этот файл указывать в адресе не обязательно, то путь будет выглядеть как www.mysite.ru/optimize. 
  На рис. 1 и рис. 2 показаны два набора организации файлов на сайте. 
  
     
      |  |  | 
     
      | Рис. 1 | Рис. 2 | 
  
  Какую структуру предпочесть зависит лишь от воли создателей сайта. 
  
Дополнительные файлы
На любом сайте не обойтись и без дополнительных файлов, обычно размещаемых 
  в корне сайта. Сюда входят файлы, предназначенные для выполнения определенных 
  задач и имеющих обязательное имя, а также файлы, имя которых определяется разработчиками. 
  
  
  Обязательные имена
 index.html — название главной страницы, а также веб-страниц размещаемых 
  в папках, которые должны открываться при их указании в адресе. Это имя, как 
  уже упоминалось, может меняться в зависимости от типа веб-сервера и его настроек. 
  Но обычно оно именно такое. 
.htaccess — конфигурационный файл веб-сервера Apache. Указанный сервер 
  является наиболее популярным и распространенным в мире, поэтому и данный файл 
  можно встретить повсеместно. Бывают, конечно, исключения.
robots.txt — файл, предназначенный для поисковых систем. При индексировании 
  сайта, в первую очередь ищется он. Пример запрета для всех поисковых систем 
  посещать папки сайта cgi-bin и images.
User-agent: *
  Disallow: /cgi-bin/
  Disallow: /images/
favicon.ico — иконка сайта, она появляется возле адреса сайта при занесении 
  его в раздел «Избранное» браузера. Это рисунок размером 16 на 16 пикселей формата ICO.
Необязательные имена
Таблица стилей — ни один сайт уже не обходится без стилей, обычно размещаемых 
  в отдельном файле. Такое размещение дает несколько преимуществ — легко 
  изменять вид элементов на всех страницах, меняя параметры лишь в одном месте, 
  файл кэшируется и загружается быстрее, уменьшается общий объем всех документов. 
  Файл со стилем обычно имеет расширение css.
Заключение
Хотя имена некоторых служебных файлов зависят от настроек сервера и могут меняться 
от сайта к сайту, приведенные принципы характерны для большинства из них. Для 
динамических сайтов, содержание которых формируется с помощью программы, так называемого 
<движка>, структура будет несколько отличаться от приведенной. Однако и в этом 
случае, служебные файлы, такие как таблицы стилей, .htaccess, favicon.ico, robots.txt 
останутся на месте.